一、毛細管柱固定液的選擇
1. 如果不知道使用何種固定相，可以從非極性柱或弱極性柱如SE-30或SE-54開始試用，如效果不好，再按極性漸強的順序選用中等極性直至高極性柱逐一嘗試，直到有較令人滿意的分析結果即可確定適用的柱極性。　　

2. 低流失(“ms”)色譜柱通常更為惰性，有更高的溫度上限,適用于MS檢測器。　

3. 使用能夠提供滿意的分離度和分析時間的極性zui小的固定相，非極性固定相比極性固定相具有更長的壽命。　　

4. 要使用和被分析物極性相近的固定相，使用這一選擇方法常常是有效的，但是使用這一方法并不總是能找到的固定相。　

5. 如果被分離混合物具有不同的偶極或氫鍵力，改變使用具有不同偶極或氫鍵力(不一定要更大)的固定相后，會出現其他共流出物，所以新的固定相不一定提供更好的總分離度。　　

6. 如果可能，要避免使用含有能使選擇性檢測器產生高響應值功能團的固定相，例如含有氰丙基的固定相，用NPD會產生不成比例地增大基線高度(由于柱流失)的現象。　　

7. PLOT柱用于在高于室溫的柱溫下來分析氣體樣品。

二、毛細管柱內徑的選擇 

  理論上，柱效率與半徑平方成反比，半徑越小分離效果越好，可是半徑越小，色譜柱的使用困難越多，如要求儀器的靈敏度高、時間常數小、死體積小以及柱前壓大等。而柱內徑大則處理量大，但柱內徑過大，將導致柱內徑不能均勻的分布在色譜柱中。通常使用的毛細管柱內徑可分為：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm 0.53mm ：具有近似填充柱的負荷量，總柱效則遠遠超過填充柱。當達到同樣的分離度時，0.53mm大口徑柱的分析時間明顯快于填充柱，可方便的采用柱上進樣或直接進樣技術，適合于分析不太復雜的樣品，是填充柱理想的替代柱。 0.32mm： 柱效稍低于0.25mm常規(guī)柱，負荷量大于常規(guī)柱的60%，用特制注射針可做柱上進樣。 0.25mm ：zui常用的內徑規(guī)格。有較高的柱效，負荷量較低，必須分流進樣或無分流進樣。用于復雜多組份樣品分析。0.20mm 柱效高,負荷量低，流失較小，適合與質譜等靈敏檢測器聯用。

三、毛細管柱長度的選擇

  理論上，柱長越長，總柱效越高，可改善分離能力，短則組分餾出的快些。只有當分析樣品十分復雜時，才需要選擇長柱，柱越長，分析時間也越長，一般分離度增加一倍，柱長必須增長4倍。5—12m 短柱：分離少于10個組份（不包含難分離物質對）的簡單樣品。25—30m 中長柱：分離10—50個組份的樣品。 50m 長柱：分離大于50個組份或包含有難分離物質對的復雜樣品。

四、液膜厚度的選擇 

  選擇適當的液膜厚度就像選擇適當長度一樣重要，恰當的膜厚可以使組分得到更好的分離。0. 1—0. 2μm 薄液膜低負荷量，高溫下流失較小，適合于高沸點化合物的分析，適于配高靈敏檢測器。 0.25—0.33μm 標準液厚   一般商品柱的標準液膜。 0.5—5.0μm 厚液膜 較高的樣品負荷量，在高溫下流失較大，適于分析低沸點樣品